Array-CGH Analizlerinde Saptanan De Novo Değişimlere Klinik Genetik Yaklaşım

  • Gökçe Kumbasar İstanbul Üniversitesi
  • Güven Toksoy İstanbul Üniversitesi
  • Seher Başaran İstanbul Üniversitesi
  • Birsen Karaman

Abstract

Amaç: Bu çalışmada, mikrodizin tabanlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (a-CGH) incelemesinde saptanan genomik dengesizliklerin ikinci bir yöntemle, örneğin floresan in situ hibridizasyon (FISH), gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (Real-Time qPCR) ya da bir başka array platformu gibi, çalışılarak doğrulanması, klinik açıdan anlamının irdelenmesi ve genotip-fenotip ilişkisinin kurularak ailelere özgün genetik danışma verilmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Postnatal dönemde multiple konjenital anomali/mental retardasyon (MKA/MR) ve prenatal dönemde fetal ultrasonda birden fazla patolojik bulgular nedeniyle, İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda kromozom analizi tamamlanmış, normal karyotipe sahip ancak yapılan a-CGH incelemesinde değişim saptanmış, parental çalışmalarla de novo olduğu belirlenmiş 10 olguda a-CGH çalışmasında saptanan değişimlerin, değişimin tipine göre uygun tekniklerin kullanımı ile doğrulama çalışmaları yapıldı. Bulgular: Çalışmada; 8 olgunun değişimi doğrulanarak fenotiple ilişkilendirildi, 2 olguda ise değişimin tekniğe bağlı hibridizasyon hatalarından kaynaklandığı sonucuna varıldı. Sonuç: Elde ettiğimiz bulgular, a-CGH tekniği ile saptanan değişimlerin doğrulama çalışmaları tamamlanmadan raporlandırılmaması ve her değişimin tek tek değerlendirilerek en uygun, hızlı ve ekonomik teknikle doğrulanması gerektiğini ortaya koymuştur.

Author Biographies

Gökçe Kumbasar, İstanbul Üniversitesi
İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı
Güven Toksoy, İstanbul Üniversitesi
İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı
Seher Başaran, İstanbul Üniversitesi
İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı

References

Nussbaum RL, McInnes RR, Willard HF. Thompson & Thompson, Genetics in Medicine. 8th ed. Elsevier Health Sciences, 2015.

Curry CJ, Stevenson RE, Aughton D, Byrne J, Carey JC, Cassidy S, et al. Evaluation

of mental retardation: recommendations of a consensus conference. Am J Med Genet

;72:468-77.

Rauch A, Hoyer J, Guth S, Zweier C, Kraus C, Becker C, et al. Diagnostic yield of various genetic approaches in patients with unexplained developmental delay or mental retardation. Am J Med Genet Part A 2006;140:2063-74.

Schinzel A. Microdeletion syndromes, balanced translocations, and gene mapping. Journal of Medical Genetics 1988;25:454-62.

Yunis JJ. High resolution of human chromosomes. Science 1976;1268-70.

Van Zelderen‐Bhola SL, Breslau‐Siderius EJ, Beverstock GC, Stolte‐Dijkstra I, De Vries LS, Stoutenbeek PH, et al. Prenatal and postnatal investigation of a case with Miller–Dieker syndrome due to a familial cryptic translocation t(17; 20)(p13. 3; q13. 3) detected by fluorescence in situ hybridization. Prenatal diagnosis 1997;17:173-9.

Sung PL, Chang SP, Wen KC, Chang CM, Yang MJ, Chen LC, et al. Small supernumerary marker chromosome originating from chromosome 10 associated with an apparently normal phenotype. Am J Med Genet Part A 2009;149:2768-74.

Lee SG, Park TS, Lim G, Lee KA, Song J, & Choi JR. Constitutional pericentric inversion 9 and hematological disorders: a Korean tertiary institution’s experience over eight years. Annals of Clinical & Laboratory Science 2010;40:273-7.

Ravnan JB, Tepperberg JH, Papenhausen P, Lamb AN, Hedrick J, Eash D, et al. Subtelomere FISH analysis of 11 688 cases: an evaluation of the frequency and pattern of subtelomere rearrangements in individuals with developmental disabilities. Journal of Medical Genetics 2006;43:478-89.

Edelmann L, & Hirschhorn K. Clinical utility of array CGH for the detection of chromosomal imbalances associated with mental retardation and multiple congenital anomalies. Annals of the New York Academy of Sciences 2009;1151:157-66.

de Vries BB, Pfundt R, Leisink M, Koolen DA, Vissers LE, Janssen IM, et al. Diagnostic genome profiling in mental retardation. The American Journal of Human Genetics 2005;77:606-16.

Shaffer LG, & Bejjani BA. Medical applications of array CGH and the transformation of clinical cytogenetics. Cytogenetic and Genome Research 2006;115:303-9.

Stankiewicz P, & Beaudet AL. Use of array CGH in the evaluation of dysmorphology, malformations, developmental delay, and idiopathic mental retardation. Current opinion in genetics & development 2007;17:182-92.

Miller DT, Adam MP, Aradhya S, Biesecker LG, Brothman AR, Carter NP, et al. Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. The American Journal of Human Genetics 2010;86:749-64.

Baris HN, Tan WH, Kimonis VE, & Irons MB. Diagnostic utility of array‐based comparative genomic hybridization in a clinical setting. Am J Med Genet Part A 2007;143:2523-33.

Fan YS, Fan YS, Jayakar P, Zhu H, Barbouth D, Sacharow S, Morales A, et al. Detection of pathogenic gene copy number variations in patients with mental retardation by genomewide oligonucleotide array comparative genomic hybridization. Human mutation 2007;28:1124-32.

Hills A, Ahn JW, Donaghue C, Thomas H, Mann K, & Ogilvie CM. MLPA for confirmation of array CGH results and determination of inheritance. Molecular cytogenetics 2010;3:19.

Published
2019-09-21
Section
Original Research