Ülseratif Kolit Hastalarında Gen İfade Analizi

  • Elif Pala SANKO University, Faculty of Medicine, Department of Medical Biology
  • Esra Bozgeyik
  • Musa Aydınlı

Abstract

Amaç:Ülseratif Kolit (ÜK), genetik olarak duyarlı kişilerde çevresel faktörlere karşı abartılı bir immün yanıt sonucu oluşan ve etyopatogenezi henüz tam olarak aydınlatılamamış bir hastalıktır. Bu çalışma ile ÜK hastalarında inflamasyonun en yoğun olduğu bölge ve normal kolonik mukozadan alınan biyopsi materyalleri arasındaki gen ifade farklılıkları incelenerek hastalığın ortaya çıkışı ve ilerleyişi ile ilişkili olabilecek biyobelirteçlerin tespit edilmesi ve böylelikle patogenezinin anlaşılmasına katkıda bulunulması amaçlanmıştır. Yöntem:ÜK tanısı almış 16 hastadan alınan inflamasyonlu ve normal mukozaya ait biyopsi materyallerindeki gen ifade farklılıkları, kısmi transkriptom analiz yöntemi olan Differential Display-PCR (DD-PCR) kullanılarak araştırılmıştır. Bulgular:Farklı seviyede gen ifadesi olduğu tespit edilen ve dizin analizi yapılan aday transkriptler arasından üçünün genomda farklı genlerin intronik bölgelerine yerleşim gösterdiği belirlenmiştir. Bu üç transkript arasından biri için ise daha detaylı analizler gerçekleştirilmiştir. Öncelikle, bu transkriptin cDNA uçlarının dizilimini tespit etmek amacıyla Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) deneyleri yapılmış ve 5’ ucuna ait 920 bç’lik bölgenin dizilimi de tespit edilmiştir. Ardından, bölgeye ait tasarlanan primerler kullanılarak kısmi miktarlara dayalı gen ifade analizi yapılmış ancak inflamasyonlu ve normal kolonik mukozaları arasında gen ifade seviyeleri bakımından anlamlı bir fark bulunamamıştır. Ayrıca, ticari olarak satılan 20 farklı dokunun RNA’sı ve 11 farklı kanser hücre hattına ait RNA’lar kullanılarak gen ifade profillemeleri yapılmış, birçok doku ve kanser hücresinde ilgili transkriptin ifadesinin gerçekleştiği belirlenmiştir. Sonuç:Bu çalışma sonucunda, daha önce başka hiçbir grup tarafından tanımlanmamış yeni bir transkript tespit edilmiştir. İleriki çalışmalarda bu yeni transkriptin Northern Blot ile tam boyunun belirlenmesi ve işlevsel analizlerinin gerçekleştirilmesi hedeflenmektedir.

Author Biography

Elif Pala, SANKO University, Faculty of Medicine, Department of Medical Biology
Department of Medical Biology, Asst. Prof. Dr.

References

Jewell DP. Ulcerative Colitis. Sleisenger& Fordtran’s Gastrointestinal and Liver Disease Pathopysiology/Diagnosis/Management. In: M. Feldman, Sleisenger, M.H, Scharschmidth B.F. 8nd ed. Philadelpdia: W.B. Saunders Company; 2006:p.2499-549.

Farrell RJ, Peppercorn MA. Ulcerative colitis. Lancet. 2002; 359(9303): 331-40.

Van Limbergen J, Russell RK, Drummond HE, Aldhous MC, Round NK, Nimmo ER, Smith L, Gillett PM, McGrogan P, Weaver LT, Bisset WM, Mahdi G, Arnott ID, Satsangi J, Wilson DC. Definition of phenotypic characteristics of childhood-onset inflammatory bowel disease. Gastroenterology. 2008; 135(4): 1114-22.

Brant SR. Update on the heritability of inflammatory bowel disease: the importance of twin studies. Inflamm Bowel Dis. 2011;17(1):1-5.

Ramasundara M, Leach ST, Lemberg DA, Day AS. Defensins and inflammation: the role of defensins in inflammatory bowel disease. J Gastroenterol Hepatol. 2009;24(2):202-8.

Jennette JC, Wilkman AS, and Falk RJ. Anti-neutrophil cytoplasmic autoantibody-associated glomerulonephritis and vasculitis. Am J Pathol. 1989; 135(5):921-30.

Lesavre P. ANCA; diversity and clinical applications. Advances Nephrol. 1993;22:237-67.

Rizzo A, Pallone F, Monteleone G, Fantini MC. Intestinal inflammation and colorectal cancer: a double-edged sword? World J Gastroenterol. 2011; 17(26): 3092-100.

White NM, Maher CA. The potential use of lncRNAs found in the 8q24 region as biomarkers for colon cancer. Ann Oncol. 2017 Aug 1;28(8):1688-1689.

Deng H, Wang JM, Li M, Tang R, Tang K, Su Y, Hou Y, Zhang J. Long non-coding RNAs: New biomarkers for prognosis and diagnosis of colon cancer. Tumour Biol. 2017 Jun;39(6):1010428317706332.

Liang P, Pardee AB. Analysing differential gene expression in cancer. Nat Rev Cancer. 2003;3(11):869-76.

Dudley JT1, Tibshirani R, Deshpande T, Butte AJ. Disease signatures are robust across tissues and experiments. Molecular systems biology. 2009;5(1):307.

Mesko B1, Poliska S, Szegedi A, Szekanecz Z, Palatka K, Papp M, Nagy L. Peripheral blood gene expression patterns discriminate among chronic inflammatory diseases and healthy controls and identify novel targets. BMC medical genomics. 2010;3(1):15.

Chang KC, Komm B, Arnold NB, Korc M. The application of differential display as a gene profiling tool. Methods Mol Biol. 2007; 383:31-40.

Zuo L1, Ogle CK, Fischer JE, Nussbaum MS.mRNA differential display of colonic mucosa cells in ulcerative colitis. Journal of Surgical Research. 1997; 69(1):119-127.

Bai VU1, Hwang O, Divine GW, Barrack ER, Menon M, Reddy GP, Hwang C. Averaged differential expression for the discovery of biomarkers in the blood of patients with prostate cancer. PloS one. 2012;7(4):e34875.

Stein J, Liang P. Differential display technology: a general guide. Cell Mol Life Sci. 2002;59(8):1235-40.

Ponting CP, Oliver PL, Reik W. Evolution and functions of long noncoding RNAs. Cell. 2009;136:629–641. 8.

Whitehead J, Pandey GK, Kanduri C. Regulation of the mammalian epigenome by long noncoding RNAs. Biochim Biophys Acta. 2009;1790: 936–947

Mirza AH, Kaur S, Brorsson CA, Pociot F. Effects of GWAS-Associated Genetic Variants on lncRNAs within IBD and T1D Candidate Loci. PloS one. 2014;9(8):e105723.

Chen SW, Wang PY, Liu YC, Sun L, Zhu J, Zuo S, Ma J, Li TY, Zhang JL, Chen GW, Wang X, Zhu QR, Zheng YW, Chen ZY, Yao ZH, Pan YS. Effect of Long Noncoding RNA H19 Overexpression on Intestinal Barrier Function and Its Potential Role in the Pathogenesis of Ulcerative Colitis. Inflamm Bowel Dis. 2016 Nov;22(11):2582-2592.

Published
2019-06-21
Section
Original Research